新北京南站占地面积49.92万平方米，建筑面积31万平方米。这座庞大建筑地上两层，地下三层，从上到下依次为:钢结构屋面层、高架候车层、火车进站出站层、换乘大厅、地铁4号线、地铁14号线。根据北京市的相关交通规划，地铁4号线将以南北走向穿过北京南站，地铁14号线和市郊铁路将以东西走向穿过北京南站。北京南站还将成为城际列车和客运专线等快速列车在北京到发的客运站，成为北京最“快”的客运站。